El PPEAMB ofrece anualmente 15 plazas para el programa de maestría y 10 para el programa de doctorado, las cuales se publican mediante convocatoria, de acuerdo con el período establecido en el calendario académico de la UFRPE. Pueden postularse candidatos con título de grado en Ingeniería Ambiental o en áreas afines, como Ingeniería Civil, Ingeniería Química, Ingeniería Sanitaria, Ingeniería Agrícola y Ambiental, entre otras.
También se permite la inscripción de estudiantes que estén por concluir su carrera de grado (para la maestría) o su maestría (para el doctorado), siempre que presenten, al momento de la inscripción, una declaración de la coordinación del curso o programa respectivo indicando la fecha probable de finalización. No obstante, la matrícula solo se hará efectiva tras la presentación del comprobante de finalización del curso.
Además del diploma (o documento equivalente), los candidatos deben presentar: el historial académico de la graduación y, en el caso de postulación al doctorado, también el de la maestría; un currículum vitae registrado en la Plataforma Lattes, debidamente documentado; y un proyecto de investigación conforme al modelo disponible en la convocatoria.
El proceso de selección consta de dos etapas: evaluación del proyecto de investigación y análisis del currículum vitae. La evaluación del proyecto tiene carácter eliminatorio y clasificatorio, considerando la calidad de la redacción y la vinculación con las líneas de investigación del PPEAMB (nota de 0 a 5). Luego se realiza una entrevista virtual, conducida por un comité compuesto por tres docentes, en la que el candidato debe demostrar dominio suficiente del tema propuesto (nota de 0 a 5). Serán aprobados para la siguiente etapa (evaluación del currículum vitae) los candidatos que obtengan una puntuación total igual o superior a 6,0 (seis) en la suma de las notas del proyecto y la entrevista.
En la evaluación del currículum vitae (nota de 0 a 10) se consideran las actividades académicas y profesionales del candidato, de acuerdo con una tabla de puntuación definida en la convocatoria. La nota final se calcula como un promedio ponderado, con peso 3 para el proyecto de investigación y peso 7 para el currículum vitae.
Todo el proceso de selección es coordinado por la Comisión de Selección y Gestión de Becas de Estudio (COSEGE) del PPEAMB, compuesta por el coordinador y su sustituto eventual, dos representantes docentes, un representante estudiantil y un representante del personal técnico-administrativo. Corresponde a la COSEGE garantizar la transparencia e integridad de todo el proceso de selección, así como utilizar la clasificación final de los candidatos para la asignación de las becas disponibles.